انشأ مختبر الأحياء المجهرية مع تأسيس فرع العلوم الأساسية سنة 1991م ويعتبر مختبر الأحياء المجهرية من المختبرات الأساسية التابعة لفرع العلوم الأساسية حيث أنه جزء من كلية طب الأسنان في جامعة بغداد.
ان عمل مختبر الأحياء المجهرية يتعلق بتعليم طلبه المرحلة الثالثة طرق التعقيم الصحيحة والحديثة كيفية التعامل مع الاحياء المجهرية من بكتريا وفيروسات وفطريات وكيفية تشخيصها بالطرق التقليدية والطرق المناعية والطرق الحديثة ويتم التنسيق بين الجانب النظري والعملي في اعطاء المادة لغرض أستفادة الطلبة القصوى. حيث يتم تدريب الطلبة على كيفية التعامل مع الاحياء المجهرية وعلاقتها بصحة الفم وامراض الفم وتسوس الاسنان و يتم استكشاف ونشر وتطبيق المعرفة والعلوم في مجال صحة الفم وعلاقتها بالاحياء المجهرية والحد من طرق انتقال العدوى. يضم مختبر الأحياء المجهرية أختصاصيين مؤهلين ذوي خبرة من حملة شهادة الدكتوراه والماجستير والبكالوريوس وعددهم الكلي (7) أختصاصيين
